Das geht leider oft zu Lasten der Sicherheit und der Privatsphäre (siehe Wire oder Telegram).
Das ist zwar einmalig Arbeit, aber es funktioniert:
Bei den Kontakten, die man nur bei Threema-Work haben will, tippt man in der normalen Threema App auf das Profilbild (oder den Platzhalter dafür). Dann kommt man auf die Ansicht, in der man den Kontakt bearbeiten kann. Dort gibt es die Option „Von autom. Synchr. ausschließen“. Dort setzt man ein Häkchen und löscht den Kontakt dann aus seiner Kontaktliste in der normalen Threema-App. Er taucht dann dort nicht mehr auf.
Bei den Kontakten, die man nur in der normalen App haben will, geht man in der Work-App genauso vor.